El sector pesquero en México aporta alrededor del 0.7% del PIB nacional, y emplea cerca del 1.3% de la población ocupada (I.N.P. 2000). Sin embargo, es evidente que la perspectiva correcta para dimensionarla es la regional: casi dos tercios de la producción proviene de cuatro Estados (Sonora, Sinaloa, Baja California y Baja California Sur). De hecho, fuera del noroeste mexicano existen pocas pesquerías de gran escala (p.e., atún en el Golfo de Tehuantepec, camarón en el Golfo de México).

Sin embargo, la mayor parte de la captura se basa en unos pocos recursos masivos: los pelágicos menores (sardinas y anchoveta) y mayores (atún), el calamar y el camarón.

En general se reconoce que en México muchos de los recursos pesqueros ya están en el límite o superando los niveles de sustentabilidad. Pese a ello, puede afirmarse que el país no ha aprovechado a plenitud sus recursos pesqueros, y que existe todavía un margen de maniobra asociado a los recursos potenciales masivos que se encuentran principalmente en áreas de alta productividad biológica, como es la Costa Occidental de la Península de Baja California y el Golfo de California (p.e., langostilla, merluza, peces demersales, y macroalgas); otros recursos potenciales de menor magnitud pero alto precio en el mercado, situados a mayor profundidad en la zona económica exclusiva (p.e. camarones y cangrejos de profundidad) o en la zona costera (p.e., medusa bola de cañón); y algunos recursos aún subexplotados y con amplio margen de mercado (p.e. calamares y pelágicos mayores, erizos, almeja generosa, peces e invertebrados de ornato).

Los objetivos generales de la línea estratégica son:

• estimar la abundancia de los recursos, definir las áreas de mayor concentración y estacionalidad, y la accesibilidad a la flota que permita definir la pertinencia, o no, de abrir una pesquería e iniciar los estudios conducentes a la elaboración de un esquema de manejo sustentable de estos recursos.
  
  
• Generar la información suficiente y necesaria de la biología y ecología pesquera de los recursos para estimar la biomasa a extraer sin comprometer la integridad del recurso, así como determinar los periodos críticos en que la captura deberá prohibirse porque interfiere con procesos vitales.
  
  
• generar la información relevante de los componentes, interacciones, y procesos básicos que definen a los ecosistemas o subsistemas en que están insertos las especies objetivos. Esto permitirá estimar la viabilidad o no de diferentes escenarios de explotación y manejo, y adecuarse a una realidad ecológicamente dinámica.
  
  
• Estimar el número unidades poblacionales, variabilidad, y salud genética de los recursos, ya que la identificación de ellas es una condición necesaria para el manejo efectivo de una pesquería y un recurso.
  
  
• Generar estudios bioeconómicos para explorar las mejores alternativas de manejo en términos de sustentabilidad del recurso y beneficio económico regional.